ערב מלחמת העצמאות ובחצי השנה הראשונה של המלחמה (דצמבר 1947 - מאי 1948) הייתה ה"הגנה" הכוח החמוש העיקרי של היישוב היהודי בארץ-ישראל. על פי בקשתו של חיים לסקוב, שהיה מפקדו של הררי בבריגדה, הצטרף יהודה הררי בחודש בנובמבר 1947 לארגון "הגנה". הוא גויס במסגרת תכנון הנחת תשתית ויסודות לצבא ישראלי סדיר לקראת מלחמת העצמאות. הררי עבר קורס מפקדי מחלקות בג'וערה, ליד עין-השופט, ובסיומו מונה למפקד קורס מפקדי כיתות. כבר בשנות ה- 1930 הוקם בג'וערה בסיס צבאי לאימון חברי ההגנה, ששימש כבית ספר קבוע להכשרת מפקדים ומדריכים לצרכי הארגון. בשנות ה-40 פעל במקום ביה"ס למפקדים של ההגנה בו הוכשרו מאות מפקדי כיתות ומפקדי מחלקות, שלימים היו מבכירי המפקדים בצה"ל. גם בקיבוץ רמת יוחנן שבעמק זבולון היה בשנות השלושים והארבעים אחד מבסיסי ההדרכה של ההגנה שבו נערכו קורסי מ"כים של ההגנה והפלמ"ח. במסגרת זו פיקד סגן-משנה הררי בתחילת שנת 1948, על 3 מחזורים של קורסי מ"כים, ואף השתתף עם חניכיו במספר פעולות קרביות באזור השרון.

שנת 1948. יהודה הררי מתמנה כמפקד פלוגה
בגדוד 72 של חטיבה 7.

חטיבה 7 הייתה החטיבה הראשונה שהוקמה בצה"ל ב-14 במאי 1948 (יום הכרזת המדינה), והיחידה שצו הקמתה נחתם אישית על ידי שר הביטחון דוד בן-גוריון. כמפקד חטיבה 7 מינה בן גוריון את שלמה רבינוביץ (לימים שלמה שמיר), שפיקד מטעם ה"הגנה" על החיילים היהודים בבריגדה היהודית בצבא הבריטי במלחמת העולם השנייה, קציני המטה של החטיבה היו ברובם יוצאי הצבא הבריטי, בהם פיטר וולף קצין המבצעים, אהרון חוטר-ישי קצין המנהלה, תד אריסון קצין הקשר החטיבתי, וחיים (ויויאן) הרצוג קצין המודיעין החטיבתי ואחרים. המטה התמקם בבסיס סמוך לנען, בחטיבה היו קרוב ל-1900 לוחמים, מכל אלה בנתה החטיבה שני גדודי חי"ר 71 ו-72 וגדוד משוריין 73. לחטיבה סופחו מחלקת קשר, מחלקת הנדסה ומחלקת תותחנים. במקביל נבנה גם מטה החטיבה. יהודה ורבר, בעברו קצין בבריגדה, מונה למג"ד 71. הגדוד התארגן בעין שמר ובמחנה תל-לטוינסקי (תל-השומר) ועבר לעקרון. צבי הורביץ-גילת, מהמדריכים הבולטים בהגנה, מונה למג"ד 72. גדוד זה היה גדוד ב' של אה"ד (אגף ההדרכה). הגרעין בשלד הפיקוד שלו היו מדריכים וחניכים בקורסים שונים. הגדוד הועבר ב-19 במאי לנען. חיים לסקוב מונה למג"ד 73. הגדוד הורכב משתי פלוגות של מכוניות משוריינות ופלוגת זחל"מים. יהודה הררי הוזעק בדחיפות ע"י צביקה גילת להצטרף לגדוד 72 כמפקד פלוגה ג'. הוא עזב את ג'וערה, הגיע למחנה בנען והחל לאמן את פלוגתו. כמוהו נבחרו גם אפרה פורת כמפקד פלוגה א' ומשה דובדבני כמפקד פלוגה ב', כולם יוצאי הבריגדה.
מלאכת ההקמה של החטיבה נעשתה ביעילות אך בחופזה והפיקוד הכין את החטיבה תוך כמה ימים למבחן הראשון שלה מול הלגיון הערבי במרחב לטרון.

יהודה הררי נפצע בקרב לטרון.
סיפורה של חטיבה 7 במבצע "בן נון"*.

ב-22 במאי, לנוכח מצבה הקשה של ירושלים והחשש שהעיר תיפול לידי הלגיון הירדני, הורה בן גוריון להפעיל את חטיבה 7 לפתיחת הדרך לירושלים במבצע אשר כונה מבצע "בן נון". לאחר הכנות של כשבוע עמדה לרשות מח"ט 7 חטיבה שלא הייתה במלוא כוחה, לכן סופח לחטיבה גם גדוד 32 מחטיבת "אלכסנדרוני" בפיקוד צבי גרמן. היה זה גדוד מיומן במושגים של אז ובעל ניסיון קרבי לא מועט. המטרה הייתה לעבור באוטובוסים דרך שער הגיא בכביש הראשי לירושלים ולאבטח את המעבר על ידי נטרול אפשרות ירי אויב משטחים גבוהים. מבצע "בן נון" החל בשעה 0030 אור ליום 25 במאי.

טור האוטובוסים שהובילו את הכוחות יצאו באיחור של שעתיים מחולדה. סמוך לגבעה 200, כשני ק"מ מערבית למשטרת לטרון, התמקמה פלוגת התותחים ומחלקת המרגמות כדי לעזור לארבע הפלוגות לבצע את המשימה. מג"ד 72 צבי גילת, וחיים לסקוב שהחליף את מג"ד 32, התמקמו על גבעת 200 כדי לעקוב אחרי הפלוגות שיצאו למשימת האבטחה. פלוגה ב' של גדוד 32 בפיקוד אשר לוי ובהובלת מחלקה בפיקוד אריאל שרון, נעה מדרום למחנה העצורים, אל מדרום ללטרון פלוגה א' של גדוד 32 בפיקוד רם רון (רולניצקי), ובראשה מ"מ 1 יצחק מודעי, יועדה לכבוש גבעה ממזרח ללטרון, מדרום לגדוד 32 פעלו פלוגות מגדוד 72. פלוגה ב' בפיקוד משה דובדבני הייתה אמורה לכבוש את דיר איוב. פלוגה ג' של גדוד 72 בפיקוד יהודה הררי נעה מדרום לפלוגה ב' והגיע באור ראשון קרוב לבית סוסין. למקום הוזעק סיור של הלגיון ובו כ-40 לוחמים ועוד כ- 70 מקומיים עם נשק. כוח זה נכנס לקרבות אש עם לוחמי גדוד 72. במהלך הלחימה נפצע מפקד הפלוגה סגן יהודה הררי, וסגנו עלי סגלוב תפס פיקוד. הפלוגה החלה לסגת לגבעה סמוכה והמ"פ פונה עם פצעים קשים לבית חולים "הדסה" בתל אביב.
כשהתברר שהכוחות לא הצליחו לגבור על האויב, הורה המח"ט על נסיגה. בקרב נפלו 48 לוחמים מגדוד 32. רק 5 הרוגים פונו מהשטח. 64 נפצעו או סבלו מתשישות. 6 נפלו בשבי הלגיון. בגדוד 72 נהרגו 23 לוחמים וכ- 50 נפצעו.

יהודה הררי מתמנה כמדריך מחלקתי
בבית ספר לקצינים - בה"ד 1

בעקבות פציעתו הקשה של יהודה הררי בקרבות מבצע "בן-נון" בלטרון, ואשפוזו בבית החולים "הדסה" תל אביב, החל תהליך שיקומו והחלמתו. עוד בקיץ שנת 1948 פנה אליו חיים לסקוב שהיה מפקד בית הספר לקצינים וביקש אותו להצטרף כמדריך מחלקתי (ממ"ח) לסגל הפיקוד של מחזור ב' בבה'ד 1.  באותה תקופה החליט חיים לסקוב להעביר את בית הספר לקצינים ממחנה אליהו (ע"ש אליהו גולומב) שהיה ממוקם בתוך מחנה דורה בנתניה ובו נערך קורס קצינים ראשון – מחזור א', למחנה 80 ליד פרדס חנה שבו נערך קורס קצינים שני – מחזור ב' של בה"ד 1.
בהיותו מדריך מחלקתי בקורס קצינים, שמע הררי על הקמת יחידת צנחנים בצה"ל. בחודש אוקטובר 1948 הגיע למחנה 80 משלחת מיחידת הצנחנים  בפקודו של איתמר גולני וניסתה לעשות נפשות ולשכנע קצינים לעתיד שיתנדבו לצנחנים. הררי התנדב מיד והוזמן לראיון בבסיס הצנחנים באחוזה שבחיפה. בראיון, התברר למפקדי הצנחנים – איתמר גולני ואברהם זידנברג - כי הררי עדין מחלים מפציעתו. לכן, סיכמו ש-"יהיה באפשרותו להתקבל לצנחנים רק אחרי החלמתו הסופית".

שנת 1949. יהודה הררי  מייסד
ומקים את בית הספר לחי"ר - בה"ד 3

בתחילת שנת 1949 הוחלט במטה הכללי לרכז את כל מקצועות ההדרכה הקשורות בחיל הרגלים בבית ספר "לפיקוד קרבי". בית ספר זה היה אמור לתת השתלמות מקצועית בנושאי חי"ר לבוגרי בה'ד 1, לקורסי מ"כים ועוד. נושאי חי"ר הכוונה הייתה: טופוגרפיה, ניווט, אימון גופני, מטווחים וצליפה, הישרדות ועוד נושאים שימושיים בחי"ר. עם סיום מחזור ב' של קורס קציני חי"ר במחנה 80, הוחלט להעביר את סרן יהודה הררי למחנה דורה ליד נתניה, כדי להקים את 'בית הספר לפיקוד קרבי' אשר בתקופה יותר מאוחרת הפך להיות 'בית ספר לחי"ר – בה"ד 3'. הררי הספיק להכשיר צוות מדריכים ולהעביר בבית הספר את מחזור א' של "קורס פיקוד קרבי", לפני שנקרא בדחיפות לטפל בבעיית הצנחנים של צה"ל.

הררי מתמנה כמפקד יחידת הצנחנים
במחנה אחוזה שעל הר הכרמל בחיפה

בסוף חודש מרץ 1949 נקרא יהודה הררי אל ראש אגף ההדרכה במטכ"ל האלוף חיים לסקוב שהכיר את הררי מתקופת שרותם המשותפת בבריגדה, סיפר לו על קיומה של יחידת צנחנים בצה"ל בפיקודו של יואל פלגי ובסיסה במחנה "אחוזה" שעל הר-הכרמל בחיפה. לדברי האלוף לסקוב, שרתו ביחידה כ-250 חיילים אשר בחלקם עברו אמוני צניחה. באימונים אלו נהרגו 2 קצינים. היחידה במצב של התפוררות עקב בעיות משמעת, מורל נמוך, פיקוד לקוי וכד'. לסקוב הסביר להררי כי יואל פלגי משתחרר מצה"ל, והורה לו: "אתה מתנדב לצנחנים ומתמנה בזאת למפקד היחידה". הוראותיו היו חד משמעיות ,"אני מצפה ממך", אמר לסקוב להררי, "לקחת את היחידה בידיים ולהביאה תוך זמן קצר לרמת אימון ומשמעת הדרושים לקיום יחידת קומנדו מוצנחת".
לימים, פרט חיים לסקוב את תכונותיו והסיבות לבחירתו של הררי כמפקד הצנחנים, ובין היתר אמר עליו: "את הררי אפיין אומץ לב בקרב ואומץ לב אזרחי.... אחריו הלכו באש ובמים באופן טבעי....היה בו יושר, נאמנות, תום והומור אופטימי..."
בעת ההיא היה הררי מפקד בה"ד 3 ובין השאר פיקד על קורס סמלים קרביים, אי לכך סוכם כי מיד עם סיום הקורס בתחילת חודש אפריל 1949 יקבל עליו את הפיקוד על יחידת הצנחנים בחיפה. כסגנו התמנה יהושע בן - עמי חברו מהשרות המשותף בגדוד השני של הבריגדה.
יהודה הררי התייצב בתחילת אפריל במחנה "אחוזה" ונפגש עם יואל פלגי אשר סיפר לו על מצב היחידה ובעיותיה, הציג בפניו את הקצינים (אלו אשר היו במחנה), סייר עימו במחנה ובמסלול המכשולים וכעבור שעתיים עלה על הג'יפ שלו ונסע. הררי עמד על מדרגות הכניסה לבנין המרכזי, וחשב בליבו "אני, מפקד הצנחנים של צה"ל, וכל אשר אני יודע על צנחנים שהם לוחמי קומנדו המיועדים לפעול מעבר לקווי האויב". הידע של הררי היה שטחי ביותר בעיקר מקריאה על מבצעים מוצנחים במלחמת העולם השנייה.

ראו כאן על על יחידת הצנחנים בפיקודו של יואל פלגי:

תוכניות להקמת
יחידת הצנחנים

סיפור הקמת יחידת הצנחנים
ומבנה היחידה

אלבום תמונות של
מחנה אחוזה בחיפה

 תוך מספר ימים הסתבר להררי שמצב היחידה קרוב להתפוררות וגובל באנרכיה. המצב מתואר בדו"ח ששלח לראש אג"מ/מה"ד באפריל 1949. במצבת היחידה היו 220 מפקדים וחיילים מחציתם היו חיילי שירותים קשישים מהג"א חיפה וחלקם האחר "צנחנים" שחלק מהם אף הספיק לצנוח, אולם אימוניהם הופסקו לאחר 2 תאונות צניחה בהן נהרגו איתמר גולני ובנימין קורין ז"ל. רוב החיילים עבדו מחוץ למחנה בעבודות מזדמנות, דוגמת סבלות בנמל חיפה או כנהגי מוניות. הקצינים הסתובבו בבתי קפה ובמועדוני לילה של חיפה התחתית כל אחד עם ג'יפ משלו ולבסיס באו רק כדי לקבל דלק עבור הג'יפים. מורל, משמעת, מסגרת צבאית ,נהלים ופקודות, לא היו קיימים כלל. כל אימוני הצניחה שנעשו לפני בואו היו ללא ציוד ונשק למעט ניסוי אחד לצניחה עם תתי מקלעים אשר הסתיים בפציעתם של חלק מהצנחנים ובאבדן הנשק אצל האחרים. הררי לא מצא יותר מ 3-4 קצינים אשר היו ראויים לדעתו לשמש כקצינים, והיו מתאימים להיות מפקדים על חיילים בכלל ועל כוח מוצנח בפרט. המחנה היה מזוהם ומוזנח, פריטי ציוד התגלגלו בכל מקום ולכל עבר, ללא בקרה ללא שליטה ובאי אכפתיות.
הררי 'הפשיל שרוולים' והחל לארגן את היחידה. ראשית ועל מנת להכניס את היחידה למסגרת צבאית אחז הררי באמצעים חריפים דוגמת שיפוט לתקופות מאסר של 21-10 ימים דבר שלא היה מוכר עד אז, הורדות בדרגה, וניפוי של חיילים וקצינים בלתי מתאימים. הוחל בארגון וסידור הבסיס על מנת לתת לו צביון של מחנה צבאי. במקביל החלו באימונים לקראת מצעד יום העצמאות ,דבר שתרם אף הוא להרגשה שבצבא עסקינן.
לאחר מספר שבועות הגיע הררי לשורת מסקנות אותם העביר לאלוף חיים לסקוב: 1. אין לקיים יחידת צנחנים כל עוד לא קיים בית ספר לצניחה. 2. יש להפריד בין לוחמי הצנחנים לבין ביה"ס לצניחה לכשיקום. 3. ביה"ס לצניחה חייב לקום בקרבת שדה תעופה בו נמצאים מטוסי תובלה המיועדים להצנחה. 4. יש לפזר את יחידת הצנחנים הקיימת באחוזה, להקים יחידה חדשה במתכונת גדוד רק לאחר שביה"ס לצניחה יהיה מסוגל להעביר קורסי צניחה סדירים. בישיבה שהתקיימה אצל האלוף לסקוב בתאריך 5 מאי 1949 התקבלו כל המלצותיו של הררי, ובתאריך 24 מאי 1949, בהתאם לסיכום הישיבה, הוצא צו לחיסול יחידת הצנחנים באחוזה והקמת ביה"ס לצניחה.